La Masseria San Giovanni, in origine apparteneva alla famiglia di Giulio Cesare Giordano, il quale, nel 1586 la cedette al rappresentante di una delle famiglie più nobili del tarantino: Lorenzo Scardino.
Alla morte di questo, la masseria fu ereditata dal figlio Stefano e nel 1627 la cedette al Monastero di San Giovanni di Taranto.