Abitata sin dall’Eneolitico, così come hanno dimostrato svariati ritrovamenti risalenti all’epoca preistorica, Fragagnano trae il suo toponimo dal nome del colono romano Freganius, che sembra sia stato proprietario di un praedium nell’agro di questa cittadina. Ma è comunque durante il Medioevo che Fragagnano attraversa le fasi più ricche di avvenimenti della sua storia.